门户之争一直继续着，直到崇祯已经殉国，明代朝廷在江南残存时，门户之争犹自未已。在南明入阁辅政的马士英，便是以翻逆案为手段，集结起他的党羽和史可法对抗的。他入阁后，起用了很多名列逆案的人，阮大铖、杨维垣等便都又被授以重任。不但此也，他还公开宣说，《三朝要典》应予重修，以明是非